自「台灣地區特定高科技人員進入大陸地區任職許可辦法草案」出現後，科技業者不滿政府訂定的政策，管制高科技人才赴大陸就職，因此揚言將控告政府違憲。行政院表示，該項政策仍在內部審查階段，內容若有不妥之處，將請陸委會、國科會再做局部調整。

自今年行政院公佈八吋晶圓廠登陸政策後，國科會於今年4月提出高科技人才赴大陸任職的許可辦法。據了解，該管制人才赴大陸任職法進入行政院後，並未按照一般法規程序，由政務委員召開政務審查會，邀跨部會代表會商，而僅是行政院內部幕僚進行一般審查。據媒體報導某官員表示，行政院僅是核備性質，若審查後無逾越母法，該政策將予以過關，無需比照一般法規進行政務審查等程序。

高科技人才赴大陸任職的許可辦法方面，由於外界反彈聲浪不斷，國科會於今年5月送出的草案，僅規範首波管制範圍為晶圓廠黃光區微影技術之研發人員，而先前所列包括半導體產品研發設計人才等四項產業及技術類別都暫不列入。