中央研究院院長李遠哲在四年一次的全國科學技術會議中，再度對政府的執行效能提出抨擊，認為以每年政府願景與執行的差距看來，若無法真正落實，願景永遠都只是願景。

另外，針對國科會檢討上屆目標執行狀況，李遠哲認為國科會「報喜不報憂」。李遠哲明白指出，國家科技發展的一大隱憂在於對科技研究水準的提升不夠重視，現在國內的技術主要仍依賴國外，主要原因一方面是科研成果與技術發展並沒有結合得很好，使得國內大企業都優先選擇國外有技術的公司或學校合作；另外一點則是，政府對於研發經費的編列不足。

李遠哲批評表示，目前政府編列的研發經費與與韓國、日本、新加坡等相較之下落後甚多，這幾個競爭國家目前都達到研發佔GDP 3％，而我們的研發佔GDP比例只有2.08％，而且動輒遭立法院的刪減。因此，他希望，政府應該重新修正十年後研發佔GDP要達到3％的目標，而希望在2005年就達到這個目標。在修正比例的同時，李遠哲也表示，每年政府與民間的總體研發經費也應該增加一三％，否則根本趕不上。

李遠哲也舉低溫超導體大師朱經武選擇了香港科技大學擔任校長為例，認為我國若沒有足夠的經費和環境，想要引進高科技人才，那只是緣木求魚。但這個例子也讓我們看出，李遠哲這樣的人才仍願意選擇回國，對於國家正面發展的殷切之心可以理解，無私的奉獻之心更值得尊敬。