聯邦銀行表示,在電子商務在百家爭鳴的情況下，成敗與否除了電子商城系統架設及物流商品配送管理以外，金流付款機制之建立亦是主要的關鍵。 聯邦銀行推出「網路收單NetPos SSL機制」，更為快速、安全並降低商家成本。

聯邦銀行近期將再推出結合虛擬帳號繳款機制及網路銀行的「網路即時轉帳繳款機制」，提供信用卡收單以外另一種即時性電子商務付款機制。聯邦銀行存戶在商家的網站中購貨完成時，透過線上即時轉帳繳款介面，馬上從活期性帳戶內扣款轉帳，繳交貨款(帳戶中須有足夠之現金)至商家之帳戶中，商家並可利用虛擬帳號付款機制所產生的附加訊息碼，完成訂單確認等對帳工作並且迅速出

貨，電子訊息傳遞則受到聯邦銀行網路銀行安控機制保護，簡便安全，優於郵政劃撥或跨行匯款。

商家使用聯邦銀行金流服務，可搭配聯邦銀行自行開發的網路銀行Internet Banking光碟系統—自動化地依需要定時查詢、下載繳款人繳款資料檔，供伺服器進一步利用對帳資料檔，進行後端銷帳之用，使帳務處理流程更加簡化方便。在B2B交易部分，電子商城業者與供貨廠商間複雜的貨款清算，亦可透過Internet Banking與電子商務伺服器的整合達成自動化，以節省人工作業成本。

網路交易對消費者而言，最大的疑慮是「安全性」。聯邦銀行表示，該行Internet Banking在網路交易安全上，所有資訊傳遞皆採用數位簽章RSA (Rivest Shamir Adleman)非對稱雙向加密技術，可以確保交易訊息正確性與不可否認性，並防止駭客入侵，安全性無疑。