头前溪是新竹地区主要民生用水主要来源之一，为了严格把关新竹县民的饮用水水质，新竹县政府环保局持续监测头前溪。环保局透过近期中央数据计算，头前溪流域的RPI（河川污染指数）均於2以下，属「未（稍）污染程度」，在全国26条中央辖管河川排名第2名，检测结果均符合饮用水源水质标准。为确保新竹县自来水地区的饮用水水质安全，新竹县政府环保局定期监测头前溪水域水质，并每年协助环境部对头前溪水域水质难检测的重金属、农药、新兴污染物项目进行抽验，严格把关县民的饮用水水质。

头前溪水质监测设备

另外，环保局於头前溪流域设置有2处水质连续自动监测站，包含主流上的兴隆大桥测站（隆恩堰取水囗旁），及支流的鹿寮坑溪铁桥测站（鹿寮坑溪汇入头前溪前），自动监测项目涵盖水质基本测项及河川污染指数各测项，自2022年4月启用连续自动监测至今，两处自动监测站的河川污染指数，皆以未（稍）受污染为主。仅有极少数时段，因受大雨冲刷上游泥砂造成悬浮固体升高，使该时段河川污染指数短暂转为轻度污染，此属环境天候因素造成。整体而言，由连续自动监测结果，目前未显示头前溪水质遭受污染的情况。