在美国与大陆军机擦撞事件之后，台湾即将面临5月20日总统就职满周年前夕。根据网络安全专家表示，大陆黑客可能会攻击台湾政府单位的相关网站，同时根据电信业者表示，目前在网络上流传的「木马程序」有增多的趋势。

根据新波科技表示，保守估计全世界约有2000 ~3000种的木马后门程序，其中包括在中国大陆颇负盛名的「冰河木马程序」，美国的「BO2000木马程序」等等。而法国，德国，俄罗斯与荷兰也都有十分刁钻的「木马程序」。可是，一般防病毒软件只能针对已知型的木马程序进行侦测，对于「未知型的木马」(由黑客自创的木马)或「变种木马」(由常见的木马程序所改编)，常常是防病毒软件所无法扫除的。如此一来，防病毒软件的「漏网之马」，将会在计算机主机造成更大的破坏。因此，网络安全不能完全依赖防病毒软件独挑大梁。

再者，虽然多数的网站都已经装置网络防火墙。不过，防火墙所建立的网络安全机制，是以「阻挡非法网络封包」为主要保护方式。基本上，防火墙一定要开启数个对外通讯的端口 (Port)，黑客的攻击封包将会穿透这些防火墙的通信端口，攻击并破坏网站的数据。更何况著名防火墙的网络安全漏洞也时有所闻。例如，在几周前，网络黑客才发现微软的ISA防火墙有若干漏洞，可能被黑客做为渗透攻击的手法。

针对此次美国与大陆黑客的互相攻击事件，网络安全业者表示：根据这段期间所统计的数据发现，目前有不少台湾网站被美国黑客误判为大陆网站，进而攻击该网站，可能是网站名称有「china」或网站有漏洞所致。而遭受攻击的台湾网站已有数十家，被入侵的学校主机可能有数百所左右，并持续增加当中。为防范5月20日总统就职周年的事件造成政府及企业的损失，新波科技将全力支持各政府单位因应即将到来的网站危机，提出安全的网络保护机制，保护各类网站的数据安全，并针对各单位使用之Sun-Solaris、Windows NT、Linux系统，提供严密的网络安全保护计划，并监控系统运作和网络流量。