软体是智慧工厂不可忽视的要点，就技术面来看，在资讯快速流通的态势下，厂商彼此间的硬体技术水准已相去不远，因此几??所有厂商都认为，未来的制造系统市场，硬体已经成为基本条件，竞争条件在於软体，不过即便供应商有此体认，使用端的台湾制造业对软体仍然持续忽视，就实际应用面来看，自动化软体所需的专业技术不尽相同，再加上自动化资讯不像消费性电子产业般，资讯丰富且透明，因此多数企业对其了解并不深，获得资讯的管道除了同业间耳闻的成功案例外，就只有导入前软体厂商的介绍，然而自动化架构庞大、价格昂贵，如果未在导入前有深入了解，将有可能被软体厂商牵着鼻子走，当实际运作时发现解决不了问题，届时骑虎难下，将反受其害。

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自动化系统所费不赀，从底层的SCADA到最上层的ERP，每套系统成本都相当高昂，花了大钱导入系统的企业主，多半会认为系统建置完成後，不必怎麽去管理便会自动运作，不过多半企业主都有此心态，而且会认为只要系统一导入，便可立即看到惊人改变，过去的弊病将马上一扫而空，其实自动化制造软体只是企业经营的辅助工具之一，还是要配合管理策略才能奏效，依一般业界的建置经验，一套系统为企业所带来的绩效，至少需要6个月才能见其功效。

目前自动化厂商所提供的自动化系统基本功能包括生产追踪、品质管理、机台保修、物料控管、报表制作、警示管理等，这些功能绝大部分都只是提供制造现场的各项数据，企业主与厂管人员可以藉此数据作为管理时的叁考，提升厂管品质，而不是只要导入後，就奢??能一举解决所有问题，举例来说，载具管理系统会产生每一载具上的产品资料，若资料显示出该载具所承载的产品一直有瑕疵，那就表示可能该载具污损，或负责载具的作业员在作业上有瑕疵，厂管人员在接收到资讯後必须前往了解、解决问题，而不是只要导入载具管理系统，该载具就不会再出问题。

因此企业导入自动化系统後，还必须配合管理策略来处理系统所产生的数据，而这又牵涉到另一个问题，一套自动化系统的导入，所带来的影响是生产线全面，不仅局限於部分，生产线的所有管理人员都必须要改变心态，企业主也必须要有贯彻的决心，否则基层人员在「多一事不如少一事」的心态下，自动化系统便只能发挥部分效能。

在全体厂管人员的贯彻下，自动化系统才能发挥综效，导入企业可以从自动化制造软体厂商所提供的几个关键绩效指标(KPI)来评估导入绩效，例如良率、产量、产出时间等，都可由此看到导入前後的差异，这些绩效在导入一段时间後就可经由自动化系统所提供的数据算出，不过初期指标所采集的样本资料少，误差也会较大，因此企业自动化系统的绩效评估最好经过半年，数据采集样本够大，绩效数值才会稳定而有叁考价值。