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AWS雲端運算加速辨識溯源13萬種RNA病毒研究
 

【CTIMES/SmartAuto 陳玨 報導】   2022年03月09日 星期三

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防範全球傳染病大爆發再添利器,Amazon Web Services(AWS)宣佈近期與加拿大哥倫比亞大學雲端創新中心(UBC CIC)合作,以AWS雲端科技為基礎建構的超級運算平台,助力國際科學團隊在短短11天內蒐集了近600萬份公開可用的生物樣本,成功辨識超過13萬種新型RNA病毒,其中包括9種新型冠狀病毒。若使用一台傳統電腦,需要2000年才能完成。該專案實現RNA病毒研究的另一創舉,透過辨識並溯源新型病毒,能夠讓科學家們在病毒感染人、動物、農作物和瀕危物種前,提早防範對策。

AWS助力科學家助力國際科學團隊在11天內蒐集近600萬份公開可用的生物樣本,發現13萬種RNA病毒,其中包括9種新型冠狀病毒。
AWS助力科學家助力國際科學團隊在11天內蒐集近600萬份公開可用的生物樣本,發現13萬種RNA病毒,其中包括9種新型冠狀病毒。

在AWS的幫助下,UBC CIC團隊和全球計算生物學家發起開放病毒專案The Open Virome,並建立開放性病毒偵測雲端運算平台Serratus。目前該研究成果創建公開病毒資料庫,向全球科學界分享研究成果,幫助加速對RNA病毒的研究。由RNA病毒引起的疾病包含流行性感冒、嚴重急性呼吸道症候群(SARS)、新冠肺炎、C型肝炎、伊波拉病毒和麻疹等。由於RNA病毒繁殖和進化速度快,在此之前,科學家們經過幾十年的資料分析,只發現了1.5萬種病毒。而在使用AWS的基礎架構和服務後,The Open Virome專案團隊在發現新病毒方面,已為科學界節省了數百萬美元和長達數年的時間。

基於AWS服務所取得的研究成果,徹底改變了生物資訊學的研究方式。病毒的辨識和研究需要分析海量的基因定序數據,其中包括數十萬種未知病毒的DNA和RNA。基因組學的資料量每天都以倍速增長,造成病毒定序資料庫的總量龐大,依靠傳統運算方式根本無法對其進行全面分析或處理。

The Open Virome專案的研究人員僅用8週的時間,順利地運用AWS的雲端科技建構功能強大的超級運算平台。借助其優異且彈性的運算能力,快速處理數百萬GB的資料,並獲得顯著成本效益。該團隊運用Amazon Simple Storage Service(Amazon S3)中鏡像出病毒基因定序資料庫SRA,而後使用AWS彈性運算雲端執行個體Amazon Elastic Compute Cloud(Amazon EC2)來分析資料集。

在短短11天內,該團隊處理高達570萬個定序資料集,僅花費2.4萬美元,並發現了13萬個新型RNA病毒。奠基於AWS雲端科技打造的Serratus平台,研究人員相信他們既能辨識潛在的有害新病毒,又能提醒科學家注意新冠肺炎病毒SARS-CoV-2 virus的潛在突變成因,幫助改善診斷測試和疫苗開發,為醫療政策決策者提供更有效的指引。

AWS強大的運算和機器學習服務確保科學家能將更多時間和資源應用於科學研究,快速執行工作,強大的運算能力且彈性的定價帶來高性價比,同時遍佈全球的基礎設施和統一架構,以及託管超過40個開放的生命科學和基因組資料集,實現在全球展開安全的研究協作。

關鍵字: AWS 
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