為了兼顧讀者對於獨特性和專業性的需求，金石堂網路書店將針對網站上由讀者及出版業者籌建的「個人化書店」。金石堂網路書店表示，經營書店或許是不少知識份子的夢想，但因籌設實體書店所需的準備金過高，讓不少人望而卻步，金石堂網路書店的「個人化書店」正可以讓知識份子實踐這個夢想。

金石堂表示，希望號召一萬個有理想的出版業者與知識份子，達成「網站聯盟，全民經營網路書店」的目標。這個個人化書店的構築平台，是由金石堂免費提供，再由書店店長從豐富的資料庫中，挑選出所需的書籍資料，再由個人化書店店長，組合成專業且個性化的書店，而具有特色但沒有網站的出版社，也可以利用金石堂的平台架設自己的網站。