为了兼顾读者对于独特性和专业性的需求，金石堂网络书店将针对网站上由读者及出版业者筹建的「个人化书店」。金石堂网络书店表示，经营书店或许是不少知识分子的梦想，但因筹设实体书店所需的准备金过高，让不少人望而却步，金石堂网络书店的「个人化书店」正可以让知识分子实践这个梦想。

金石堂表示，希望号召一万个有理想的出版业者与知识分子，达成「网站联盟，全民经营网络书店」的目标。这个个人化书店的构筑平台，是由金石堂免费提供，再由书店店长从丰富的数据库中，挑选出所需的书籍数据，再由个人化书店店长，组合成专业且个性化的书店，而具有特色但没有网站的出版社，也可以利用金石堂的平台架设自己的网站。