頭前溪是新竹地區主要民生用水主要來源之一，為了嚴格把關新竹縣民的飲用水水質，新竹縣政府環保局持續監測頭前溪。環保局透過近期中央數據計算，頭前溪流域的RPI（河川污染指數）均於2以下，屬「未（稍）污染程度」，在全國26條中央轄管河川排名第2名，檢測結果均符合飲用水源水質標準。為確保新竹縣自來水地區的飲用水水質安全，新竹縣政府環保局定期監測頭前溪水域水質，並每年協助環境部對頭前溪水域水質難檢測的重金屬、農藥、新興污染物項目進行抽驗，嚴格把關縣民的飲用水水質。

頭前溪水質監測設備

另外，環保局於頭前溪流域設置有2處水質連續自動監測站，包含主流上的興隆大橋測站（隆恩堰取水口旁），及支流的鹿寮坑溪鐵橋測站（鹿寮坑溪匯入頭前溪前），自動監測項目涵蓋水質基本測項及河川污染指數各測項，自2022年4月啟用連續自動監測至今，兩處自動監測站的河川污染指數，皆以未（稍）受污染為主。僅有極少數時段，因受大雨沖刷上游泥砂造成懸浮固體升高，使該時段河川污染指數短暫轉為輕度污染，此屬環境天候因素造成。整體而言，由連續自動監測結果，目前未顯示頭前溪水質遭受污染的情況。