虽然在线交易持续在成长中，然而许多消费者仍对安全机制表示存疑。在10日举办的「电子商店验证组织联合成果发表会」中，主办单位经济部商业司指出，电子商店的验证机制是本年度「电子商务环境整备及B2C电子商务推动计划」的重点项目之一，认证系统的建置将能创造更具可信度的电子商务环境。目前国内主要的电子商务识别系统以KPMG的「SysTrust」及SOSA网络信赖标章为主。

为解决电子商务推广的安全障碍，多家电子商店业者呼吁政府尽速解决在线交易盗刷问题，建立买卖双方间公平安全的交易环境，电子商务环境才能蓬勃发展。与会业者指出，目前有高达一成的盗刷率，这也是推广网络交易的最大障碍。由于买卖双方无法在虚拟的网络平台上见面，因此如何消除安全上的疑虑，也就成了扩大在线交易规模的瓶颈。