南科人力严重短缺的情形，预料将在5年之内出现。目前台南科学园区量产厂商有13家，从业人员约5600人，以现在的情形来看，对于园区周边企业的人力影响还不明显。然而厂商却表示，五年内由于厂商逐渐增加及部分厂商进入量产阶段之后，人力供给的断层面将一一浮现，特别是在电子及电机工程方面的人员，尤其严重。对于传统产业的人才供给也将产生无可避免的排挤作用。

目前，有非常多的人希望在南科寻找到适当的就业机会，特别是有地缘关系的人才。因此，对于南科来说，其所可利用之人力资源其实相当丰富，然而南科开发筹备处却也表示，因为南科厂商逐渐增加，动辄1000人以上的大厂纷纷开始进入量产阶段；预估包括从其他产业吸收和由北部转调南部的人才，会在短短几年之间就到达一个饱和点，届时人力短缺的问题就会出现。

除此之外，园区内厂商与厂商彼此之间的挖角、跳槽问题也是一大关键。同属南科园区内的厂商，也会因为公司的待遇、福利和配股的不同，形成一种竞争的局面。有鉴于此，为避免可预见的人才短缺问题，最适当的办法就是公司对于员工的早期筛选与长期培训，才是真正可以解决人力断层问题的最佳方法。