根据iThome报导，日本独立行政法人理化学研究所（专长领域为高性能分子仿真研究）与日本SGI（组织大型计算机系统经验丰富）、英特尔（Intel）宣布，分子动力学仿真专用计算机系统MDGrape-3已经建构完成，理论上能实现1000teraflops（1peraflops）的浮点运算能力。

理研表示，相较之下目前超级计算机排行榜TOP 500中的第一名——美国Lawrence Livermore国家研究所的IBM BlueGene/L（2006/6/16时），其理论浮点运算性能约为每秒360兆次（360 TFLOPS），虽然看来MDGrape-3的确是对方的三倍强，但并没有经过超级计算机排行榜LINPACK Benchmark（一种计算计算机浮点运算能力的公式）性能检测，所以目前只能说理论上效能大于IBM BlueGene/L。

这台超级计算机系统包括了201台理研的专属系统，已及两种不同款式的Xeon服务器。其中，理研自己的201台专属系统每台都采用了24片分子动力学仿真专用LSI芯片MDGrape-3，具有230Gflops运算能力。但由于有16颗为不良品，因此实际运作的总计有4808颗处理器。

支持这套专属系统丛集的总计有19122颗Xeon处理器：有64台采用Xeon 5000（代号Dempsey）双核处理器的平行服务器，每一台服务器使用高达256颗处理器；以及37台配备3.2GHz Xeon（2Mb L1快取）处理器的平行服务器，每台服务器配备了74颗处理器核心。

MDGrape-3将用来研究生物的原子成分，并且利用它的仿真能力来解释生命的各种现象，另外也可期待它在开发新药品时的高速检测功能或是加快研发生物奈米机器，或是解析蛋白质中极微小的原子来寻找相关病症原因。