台南科學園區廠商開發再添變數，解決水電問題之後，再爆發文化遺址問題。正在趕工開發的奇美LCM組裝廠，及聯電南科基地都發現文化遺址，而且在保護文化資源原則下，必須先搶救遺址才能繼續開發，廠商的開發時程勢必受影響。

南科開發籌備處主任戴謙表示，由於南科區內目前已無閒置土地，即使開工之後才發現工地內存有文化遺址，也沒有土地可供更換，籌備處傾向文化遺址搶救或保留的方式，處理完成之後，再繼續興建廠房。台南科學園區開發以來，雖然陸續發現三處文化遺址，分別為道爺、北三舍、五間厝、三抱竹遺址，並由中研院人員進行搶救，但由於這些遺址所在位址多半是公共工程所在，並未影響到南科廠商的開發時程。