设计人员在把大型FPGA元件整合至PCB时，所面临的主要挑战之一就是I/O针脚配置。基于越来越多的因素，许多设计人员发现定义大型FPGA元件I/O针脚的组态或「针脚输出（pinout）」，以及先进的BGA封装的程序，已变得日趋困难。但若将聪明的I/O规划与各种新工具结合在一起，就可以排除让您头痛的针脚输出程序。

从FPGA到PCB之间定义I/O针脚输出的工作，是决定设计成败的一项重大挑战。设计人员必须从FPGA与PCB的角度来平衡各项需求，并为此两个元件进行平行设计。若过早针对PCB或FPGA最佳化针脚配置，可能会在另一方面产生设计问题。

设计人员必须能预想PCB配置与FPGA实体元件的针脚，以及内部的FPGA I/O焊垫配置与其它相关资源，以了解针脚配置选择会产生的结果。然而，到目前为止，仍未有单一工具或方法能一次解决所有协同设计的问题。
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