達碁合併聯友光電，所衍生合併租稅論戰，經濟部14日會商，同意依「租稅優惠孰優」原則辦理；此企業合併最後階段所衍生的5%營業稅，經濟部也主張免徵。

目前科學園區內合併區外，區外合併區外及區內合併區內企業稅稅爭議不大，但區外合併區內因區內企業消減，能否續享竹科優惠，爭議較大。

則經相關部會目前已完成研修「促進產業升級條例」有關企業合併責稅優惠等相關法令，因合併而產生的費用得於十年內攤提，因合併出售不良債權所受的損失，也得於15年內認列損失。

另收購五成股權，將免徵印花稅，証交稅是否免徵，則經兩部尚未達成共識；此外，合併所衍生的營業稅，也同意免稅。