继华邦与硅统相继撤出台南科学园区后，茂硅科技原本计划在南科兴建12吋晶圆厂也终止，已在南科租用的8.8公顷基地，确定将退租。由于茂硅是南科刚开发时，即承诺在南科建厂的厂商，因此取得南科20公顷基地，而且与联电、台积电同样，都在距离高铁较远、主要道路以西的区位。但后来南茂科技建厂使用5公顷土地，再加上奇美二厂又使用约6公顷的土地，茂硅仍保有8.8公顷土地。

由于景气低迷、高铁振动等不确定因素，使茂硅南科厂的计划迟迟未动，筹备处与茂硅进一步讨论后，茂硅在南科8.8 公顷的基地决定退租，但是否移到南科二期建厂，目前尚未确定。