繼華邦與矽統相繼撤出台南科學園區後，茂矽科技原本計劃在南科興建12吋晶圓廠也終止，已在南科租用的8.8公頃基地，確定將退租。由於茂矽是南科剛開發時，即承諾在南科建廠的廠商，因此取得南科20公頃基地，而且與聯電、台積電同樣，都在距離高鐵較遠、主要道路以西的區位。但後來南茂科技建廠使用5公頃土地，再加上奇美二廠又使用約6公頃的土地，茂矽仍保有8.8公頃土地。

由於景氣低迷、高鐵振動等不確定因素，使茂矽南科廠的計畫遲遲未動，籌備處與茂矽進一步討論後，茂矽在南科8.8 公頃的基地決定退租，但是否移到南科二期建廠，目前尚未確定。